שופט בית המשפט העליון, מני מזוז, קבע כי על שר המשפטים אמיר אוחנה להשיב בתוך שבועיים לעתירה שהוגשה נגד הארכת מינויו של דן אלדד לממלא מקום פרקליט המדינה. עד למתן החלטה אחרת, לא ניתן יהיה למנות אדם אחר למשרה
במכתב שהעביר היועץ לנציב הובאה התייחסות לבקשת שר המשפטים אמיר אוחנה להאריך את כהונת אלדד בעקבות ההסכם הקואליציוני שהתגבש, המונע מהממשלה שתושבע לאשר מינויי בכירים בחצי שנה הראשונה שלה. מנדלבליט אמר כי בתקופת כהונתו כממלא מקום "התגלו כשלים ערכיים, מקצועיים וניהוליים בעבודתו, אשר לעמדתי, אינם מותירים ספק באשר לכך שהוא אינו מתאים לכהן בתפקיד"
לאחר שבחודש שעבר החליט שר המשפטים אמיר אוחנה לצמצם דרמטית את פעילותה בעקבות התפרצות מגפת הקורונה, הרשות השופטת הודיעה הערב על הרחבת הפעילות מ-3 במאי
במערכת הפוליטית דחו את הוראת בית המשפט ליו"ר הכנסת לדון בבחירת יו"ר חדש, ותקפו בחריפות את התערבות בג"ץ בהליכים שתוארו על ידם כ"פוליטיים". שר המשפטים הגיב: "לו אני יו"ר הכנסת, אני משיב - לא"
בעקבות התפשטות נגיף הקורונה, חתם שר המשפטים אמיר אוחנה על התקנות, המאריכות את מצב החירום במערכת המשפט. נשיאת בית המשפט העליון, אסתר חיות, הבהירה כי בתי המשפט ובתי הדין ממשיכים לפעול "תחת המגבלות והאילוצים הנובעים מן המצב, בהתאם להנחיות משרד הבריאות"
שלושת שופטי ההרכב, שישבו במשפטו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, החליטו לדחות את תחילת המשפט ל- 24 במאי, וזאת בשל התפשטות נגיף הקורונה. שר המשפטים אמיר אוחנה הכריז, כי בתי המשפט ולשכות ההוצאה לפועל יעבדו במתכונת חירום, בשלב ראשון למשך 24 שעות. על פי ההערכות, מצב החירום במערכת המשפט יוארך
בתגובה לדיווח, לפיו יו"ר ישראל ביתנו, אביגדור ליברמן, האשים את ראש הממשלה בנימין נתניהו בעמידה מאחורי תלונות שהוגשו לרשויות החוק נגדו ונגד ילדיו, אמר שר המשפטים אמיר אוחנה כי "זו פרנויה של ליברמן. נקמנות אישית מניעה אותו להביא להבסתו וגירושו של נתניהו"
לדברי היועץ המשפטי לממשלה, שומרי הסף "אינם פועלים נגד הממשלה. הם פועלים ביחד איתה לקידום מדיניות הדרג הנבחר. אבל בנקודות קצה, כאשר קיימת התנגשות בין השלטון לבין החוק, ומקרים כאלה לצערנו יכולים להתרחש כידוע לא כעניין תיאורטי – על שומרי הסף לבחור בחוק"
יו"ר כחול לבן, בני גנץ, אמר כי יש לרסן את המערכת הפוליטית ולהשאיר את העליונות בידי המערכת המשפטית: "כמי שמתמודד לראשות הממשלה, אני שם על עצמי ריסונים מראש". שר המשפטים אמיר אוחנה: "אמירה חמורה מאוד, הנובעת מחוסר הבנת יסודות הדמוקרטיה"
לאחר חשיפת ההקלטות משיחות שנערכו בלשכת הרמטכ"ל באוגוסט 2010, בימים שלאחר התפוצצות פרשת הרפז, בהן נשמעים גבי אשכנזי ואביחי מנדלבליט, קרא להם שר המשפטים אמיר אוחנה "לפזר את עננת החשד" ולהתיר את פרסום שאר ההקלטות, עליהן מוטל צו איסור פרסום. ראש הממשלה בנימין נתניהו: "אשכנזי צריך להסביר לציבור את מה שהוא עשה. מה יש לו להסתיר?"
