בתום דיון שקיים ראש הממשלה עם שרי המשפטים וביטחון הפנים, היועמ"שית וגורמים נוספים, הוחלט כי לפני קבלת ההחלטה על מנגנון הבדיקה לפרשת הריגול תתבצע בדיקה יסודית של 26 השמות שהוזכרו בתחקיר "כלכליסט" כמי שמכשיריהם נפרצו
תת-ניצב בדימוס גיא ניר, לשעבר ראש חטיבת המודיעין במשטרה, הזהיר כבר ב-2015 מפני הניסיונות של המפכ"ל רוני אלשיך וראש אגף החקירות מני יצחקי להקים אגף סייבר גדול ועצמאי. האזהרה, שלא נענתה, הביאה להדחתו מהמשטרה
מבקר המדינה מתניהו אנגלמן אמר, כי משרדו יבדוק לא רק את המשטרה אלא גם את התנהלות הפרקליטות ומשרד המשפטים בפרשת תוכנות הריגול. היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, אמרה בטקס כניסתה לתפקידה כי הפרשה תהיה אחד הנושאים הראשונים בהם תטפל: "מתכוונת לשים את אמון הציבור במערכת המשפטית בראש סדר העדיפויות שלי"
השר לביטחון הפנים, עמר בר-לב, הודיע על כוונתו להקים ועדת בדיקה ממשלתית בראשות שופט בדימוס, "שתחקור לעומק את הפגיעה בזכויות האזרחים ובפרטיותם". ראש הממשלה נפתלי בנט: "מבינים את חומרת העניין, לא נותיר את זה בלי מענה"
פרשן חדשות 12, עמית סגל, מתח ביקורת נוקבת על מפכ"ל המשטרה לשעבר רוני אלשיך: "עשה כמיטב יכולתו לפרק את המחלקה לחקירות שוטרים"
בעקבות חשיפת "כלכליסט" על השימוש המשטרתי הנרחב בתוכנת הריגול פגסוס כנגד אזרחים, פנה מפכ"ל המשטרה קובי שבתאי לשר לביטחון הפנים בבקשה להקים ועדת בדיקה חיצונית ובלתי תלויה. הנשיא יצחק הרצוג: "יום לא פשוט. מערכת אכיפת החוק לא יכולה לחפף במילוי החוק"
המערכת הפוליטית מגיבה בסערה על החשיפה ב"כלכליסט", לפיה השימוש המשטרתי בתוכנות ריגול היה נרחב וכלל חדירה לטלפונים של פוליטיקאים, אנשי עסקים בכירים, מנכ"לי משרדים ממשלתיים ועיתונאים, מארגני מחאות ציבוריות, מקורביו ובני משפחתו של ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו
ב"כלכליסט" נחשף, כי השימוש שעשתה המשטרה בתוכנת "פגסוס" היה נרחב וכלל חדירה לטלפונים של פוליטיקאים, אנשי עסקים בכירים, מנכ"לי משרדים ממשלתיים ומארגני פעולות מחאה, מעורבים בתיק 4000, יועציו ובני משפחתו של ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו
העיתונאית איילה חסון על הסערה בעקבות החשיפה כי המשטרה עשתה שימוש בתוכנות ריגול במהלך חקירות תיקי האלפים: "יש רצון למסמס ולקבור את זה, אבל נגמרו הימים שאפשר לסתום פיות"
העיתונאי בן-דרור ימיני במתקפה חריפה על גורמי אכיפת החוק, ברקע הפרסומים על השימוש בתוכנות ריגול בחקירות תיקי נתניהו: "נשק מסוכן שמאיים על שלומו של שלטון החוק. צריך לעצור כדי שלא נתעורר עם סקוריטטה"
