מבקר המדינה מתניהו אנגלמן אמר, כי משרדו יבדוק לא רק את המשטרה אלא גם את התנהלות הפרקליטות ומשרד המשפטים בפרשת תוכנות הריגול. היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, אמרה בטקס כניסתה לתפקידה כי הפרשה תהיה אחד הנושאים הראשונים בהם תטפל: "מתכוונת לשים את אמון הציבור במערכת המשפטית בראש סדר העדיפויות שלי"
בכירים במשטרה דחו בתוקף את הטענות של גורמים בפרקליטות לפיהן לא ידעו על השימוש המשטרתי בתוכנות ריגול בחקירות תיקי האלפים
צוותי ההגנה של ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו ובני הזוג אלוביץ' ביקשו מבית המשפט להורות לפרקליטות לחשוף את כל החומרים שנאספו בחקירות תיקי האלפים באמצעות תוכנת "פגסוס" ותוכנות ריגול אחרות
בצל חקירתו הנגדית של עד המדינה ניר חפץ, טוען ד"ר רפאל ביטון ממכללת ספיר כי העמדתו לדין של ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו נעשתה על פי "תזה עקומה" של הפרקליטות: "העדות של חפץ חושפת בעיות עומק רבות במערכת המשפט"
בנו של ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו מאשים את הפרקליטות, המשטרה והתקשורת בתפירת תיקים שהובילה להדחתו של אביו: "הפיכה על רקע פוליטי"
פרקליט המדינה עמית איסמן הודיע לסגן ראש מח"ש, משה סעדה, על הכוונה לפטרו בכפוף להליך שימוע. סעדה הבהיר כי הוא לא מתכוון לוותר וייאבק על תפקידו
בדיון בוועדה לביטחון הפנים, תקף חבר הכנסת עמיחי שיקלי את התנהלותה של פרקליטות המדינה: "גוף מנותק מעם, שלא מוכן שיבקרו אותו"
בפרקליטות המדינה הבהירו כי בדבריו של שר האוצר אביגדור ליברמן במהלך מערכת הבחירות, בהם קרא להשליך את החרדים במריצה למזבלה, אין משום עבירות של הסתה לאלימות או לגזענות
עורך הדין דוד פורר, לשעבר בכיר בפרקליטות, מתח ביקורת חריפה על התביעה במשפט נתניהו, בעקבות הוראת השופטים לפרקליטות להעביר להגנה תכתובות נוספות של מנכ"ל וואלה לשעבר אילן ישועה: "מוכח שהעובדות שאותן טוענת הפרקליטות לא נכונות. מה שמתגלה יום אחרי יום בבית המשפט מאוד מביך, וזה לא קשור לדעה פוליטית"
הפרקליטות הודיעה, כי תמיכתו של יו"ר מרצ ניצן בהחלטת בית הדין הפלילי הבינלאומי בהאג לפתוח בחקירה נגד ישראל אינה מבססת חשד לעבירה פלילית. יו"ר עוצמה יהודית, איתמר בן גביר: "הפרקליטות עושה הנחות לאנשי מרצ"
