ספירת העומר וטעויות בספירה

חבר מתחזק טעה במנין הימים כבר מתחילת הספירה כמדומני ביום השני או השלישי ועלה על הטעות בלילה השישי (בליל החג). אני שואל מכם האם ניתן למצוא לו היתר להמשיך לספור בברכה מעתה והלאה.
ידועה לי ההלכה בסימן תפט סעי ח ומה שכתב בכף החיים אות פז ואות צו. אולם שאלתי היא אם במקרה דנן ניתן יהיה לסמוך על דעת הגאונים שהביא הטור וכן בבית יוסף שפוסקים שכל יום הוא מצווה בפני עצמה, ולהתיר לו לספור בברכה.
בכבוד רב יהונתן